Die Direktion des WFZ besteht aus den 4 beteiligten Instituten der Universität Stuttgart.
Institut für Siedlungswasserbau, Wassergüte- und Abfallwirtschaft
Institut für Wasser- und Umweltsystemmodellierung
Institut für Landschaftsplanung und Ökologie
Institut für Strömungsmechanik und Hydraulische Strömungsmaschinen